Prof. dr hab. Rafał Matkowski ukończył studia na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej we Wrocławiu. W roku 2001 uzykał drugi stopień specjalizacji w zakresie Chirurgii Onkologicznej, a rok później stopień doktora nauk medycznych. Stopień naukowy doktora habilitowanego nauk medycznych w zakresie medycyny – chirurgii onkologicznej uzyskał 15.12.2010 r. W roku 2011 ukończył drugi stopień specjalizacji w zakresie Chirurgii Ogólnej. Od 5 czerwca 2014 r. posiada tytuł naukowy profesora nauk medycznych.
Od 1995r. związany naukowo z Uniwersytetem Medycznym im. Piastów Śląskich we Wrocławiu, aktualnie jako adiunkt ds. dydaktyki oraz kierownik Katedry Onkologii. Od 2010 r. członek Rady Wydziału Lekarskiego Kształcenia Podyplomowego (WLKP) UM we Wrocławiu. W kadencjach 2016-2020 i 2012-2016 przewodniczący wydziałowej komisji wyborczej WLKP UM we Wrocławiu. Od 2020 r. członek Rady Dyscypliny Nauk Medycznych UM we Wrocławiu. Członek wydziałowej Komisji ds. Oceny Kadry Naukowo-Dydaktycznej (2012-2016) a następnie członek Senackiej Komisji Rozwoju Kadry Naukowo-Dydaktycznej na lata 2016/2020 oraz członek Komisji ds. zapobiegania plagiatom (2016-2020). Redaktor tematyczny działu onkologia w czasopiśmie Advances in Clinical and Experimental Medicine. Członek Rady Naukowej czasopisma Inżynier i Fizyk Medyczny, członek Rady Naukowej WLKP od 2012 do 2020 r., członek Rady Dyscypliny Nauki Medycznej Wydziału Lekarskiego UM we Wrocławiui od 2020 r.
Od 1995 r. pracuje w Dolnosląskim Centrum Onkologii we Wrocławiu. Początkowo jako młodszy asystent, asystent, starszy asystent II Oddziału Chirurgii Onkologicznej Dolnośląskiego Centrum Onkologii we Wrocławiu. Od czerwca 2017 – kierownik Pododdziału Chirurgii Piersi DCO. Pełnomocnik Dyrektora DCO ds. nauki, przewodniczący Rady Naukowej DCO (od 2013 r. do 2018 r.). Od grudnia 2014 r. do otwarcia Centrum 26 maja 2017 r. tworzył koncepcję organizacyjną, funkcjonalną oraz standardy medyczne, organizacyjne i kadrowe Centrum Chorób Piersi DCO we Wrocławiu. Doświadczony klinicysta i badacz w badaniach klinicznych.
Autor ponad 100 publikacji dostępnych w prestiżowycyh wydawnictwach medycznych, monografi naukowej i skryptów. spółautor prac grup badawczych, autor i współautor blisko 200 streszczeń zjazdowych.